Di berbagai perguruan tinggi, khususnya di tingkat Pasca Sarjana, para mahasiswa biasanya diajarkan mata kuliah “Filsafat Ilmu”. Sejauh ini, sudah banyak diterbitkan buku tentang Filsafat Ilmu. Sayangnya, kuatnya dominasi sekularisme – yang menolak campur tangan agama — dalam bidang keilmuan kontemporer turut berpengaruh dalam perumusan konsep Filsafat Ilmu yang diajarkan di perguruan tinggi saat ini. Beberapa kutipan isi buku Filsafat Ilmu berikut ini bisa disimak.Sebagai contoh, sebuah buku yang sangat terkenal berjudul “Filsafat Ilmu: Sebuah Pengantar Populer”, (Jakarta: Pustaka Sinar Harapan, 1995, cetakan kesembilan), mengutip pendapat Auguste Comte (1798-1857) yang membagi tiga tingkat perkembangan pengetahuan manusia, yaitu religius, metafisik, dan positif. Selanjutnya, diuraikan:“Dalam tahap pertama maka asas religilah yang dijadikan postulat ilmiah sehingga ilmu merupakan deduksi atau penjabaran dari ajaran religi. Tahap kedua orang mulai berspekulasi tentang metafisika (keberadaan) wujud yang menjadi objek penelaahan yang terbebas dari dogma religi dan mengembangkan sistem pengetahuan di atas dasar postulat metafisik tersebut. Sedangkan tahap ketiga adalah tahap pengetahuan ilmiah, (ilmu) dimana asas-asas yang dipergunakan diuji secara positif dalam proses verifikasi yang obyektif.”
Karakteristik berpikir “filsafat” dijelaskan dalam buku ini, yaitu: pertama, menyeluruh; kedua, mendasar; ketiga, spekulatif. Tentang bidang telaah filsafat, ditulis dalam buku ini: “Selaras dengan dasarnya yang spekulatif, maka dia menelaah segala masalah yang mungkin dapat dipikirkan oleh manusia. Sesuai dengan fungsinya sebagai pionir dia mempermasalahkan hal-hal yang pokok: terjawab masalah yang satu, dia pun mulai merambah pertanyaan lain. Ada lagi sebuah buku berjudul “Filafat Ilmu” yang disusun Tim Dosen Filsafat Ilmu sebuah Universitas terkenal di Yogyakarta (1996, cetakan pertama). Ditulis dalam pendahuluan buku ini:“Ada beberapa pendekatan yang dipilih manusia untuk memahami, mengolah, dan menghayati dunia beserta isinya. Pendekatan-pendekatan tersebut adalah filsafat, ilmu pengetahuan, seni, dan agama. Filsafat adalah usaha untuk memahami atau mengerti dunia dalam hal makna dan nilai-nilainya… Filsafat berusaha untuk menyatukan hasil-hasil ilmu dan pemahaman tentang moral, estetika, dan agama. Para filsuf telah mencari suatu pandangan tentang hidup secara terpadu, menemukan maknanya serta mencoba memberikan suatu konsepsi yang beralasan tentang alam semesta dan tempat manusia di dalamnya. Itulah beberapa contoh materi kuliah Filsafat Ilmu yang diajarkan kepada para mahasiswa. Jika ditelaah beberapa uraian pada dua buku “Filsafat Ilmu” tersebut, akan dijumpai problematika yang serius. Teori positivisme Comte – dalam perspektif Islam – jelas sangat bermasalah. Sebab, ia meletakkan agama sebagai jenis pengetahuan yang paling primitif dan akan punah saat manusia memasuki era positivisme atau empirisisme, dimana yang diakui sebagai ilmu hanyalah pengetahuan yang didapat dari panca indera manusia. Teori Comte ini pun sekarang tak terbukti. Sebab, manusia – di Barat dan di Timur – di tengah perkembangan yang fantastis dari sains dan teknologi tetap memegang kepercayaan pada hal-hal yang metafisik dan juga agama. Di negara-negara Barat sendiri, banyak manusia percaya kepada “dukun ramal” (fortune teller).Juga, faktanya, saat ini, dunia ilmu pengetahuan pun sudah menerima kebenaran di luar positivisme. Seorang mahasiswa tidak mungkin mengklarifikasi semua pernyataan keilmuan yang diajarkan kepadanya oleh dosennya. Misalnya, saat dosen menjelaskan, bahwa kecepatan cahaya adalah sekitar 270.000 km/detik, maka si mahasiswa hanya diminta untuk percaya, tanpa perlu membuktikan secara empiris. Ketika si dosen menjelaskan, bahwa suatu rumus adalah rumus buatan Phytagoras, maka si mahassiwa juga harus percaya saja, dan tidak mungkin membuktikan secara empiris. Bahkan, seorang Profesor filsafat akan puas menjadi “muqallid” (pentaqlid); hanya percaya saja kepada segala macam penjelasan pramugari, saat bepergian menggunakan pesawat terbang. Ia begitu mudah percaya kepada orang yang mungkin sama sekali tidak pernah dikenalinya. Ia percaya kepada orang yang dikatakan sebagai pilot, meskipun ia sama sekali tidak kenal. Sang profesor tadi juga tidak minta pembuktian, apa benar pilot pesawat itu, benar-benar seorang pilot. Ia hanya percaya pada cerita orang yang mungkin tak dikenalnya. Alhasil, si professor menerima “kebenaran ilmiah”, bukan berdasarkan metode empiris, tetapi menerima kebenaran ilmiah dari jalur pemberitaan. Inilah yang dalam konsep epistemologi Islam disebut sebagai jalur kebenaran ilmiah melalui “khabar shadiq” (true report). Bagi seorang Muslim, pengetahuan yang didapat dari jalur khabar shadiq ini juga merupakan ilmu. Sebab, ia diperoleh dari sumber-sumber terpercaya, semisal al-Quran dan hadits Nabi Muhammad SAW. Ilmu yang diraih dari jalur khabar shadiq ini juga diterima secara universal. Misal, dalam soal pengakuan anak terhadap kedua orang tuanya. Sangat jarang terjadi, ada anak yang meminta pembuktian secara rasional dan empiris berkenaan dengan status hubungannya dengan kedua orang tuanya. Misalnya, anak meminta bukti ilmiah berupa tes DNA. Kita biasanya menerima saja cerita-cerita dari orang yang kita percayai, bahwa orang tua kita adalah A dan B. Pengetahuan semacam ini – dalam konsep epistemologi Islam – juga disebut sebagai “ilmu”, yang juga diraih dengan metode ilmiah.Karena itu, dalam perspektif Islam, tidaklah tepat jika dikatakan, suatu ilmu hanya dapat diraih dari metode empiris dan rasional. Pengetahuan tentang Allah, tentang para Nabi, tentang akhirat, tentang keutamaan bulan Ramadhan, keutamaan ibadah haji, dan sebagainya, juga dikatakan sebagai “ilmu” sebab didapatkan dari sumber-sumber terpercaya (khabar shadiq), meskipun hal itu di atas jangkauan akal (supra rasional). Masalah “cara-cara meraih ilmu” (epistemologi) saat ini telah banyak dibahas oleh para pakar keilmuan Islam.