Museum Kretek didirikan pada 3 Oktober 1986 atas prakarsa Soepardjo Roestam, gubernur Jawa Tengah saat itu. Gagasan ini bermula sewaktu beliau berkunjung ke Kudus menyaksikan potensi kontribusi usaha kretek dalam menggerakkan perekonomian daerah. Museum yang terletak di kota Kudus ini didirikan untuk menyimpan dokumentasi perkembangan kretek di Kudus dan tanah air.
Sejarah kretek di Kudus bermula dari kisah sosok H. Jamhari yang memiliki penyakit asma. Berbagai metode pengobatan sudah ia jalani, namun asma yang dideritanya tak kunjung sembuh. Hingga akhirnya H. Jamhari mencoba metode lain, yaitu dengan cara meracik campuran tembakau dengan cengkeh, lalu dibungkus dengan daun jagung kering sebagai pembungkusnya. Hasilnya ia bakar dan ia hisap. Proses pembakaran yang berbunyi ‘kretek-kretek’ menjadi awal produk ini disebut kretek. Metode pengobatan ini dilakukan H. Jamhari secara berulang-ulang, dampaknya mulai ia rasakan. Asma yang dideritanya mulai reda.
Berita mengenai racikan obat H. Jamhari mulai tersebar luas di masyarakat. Setelah tersebarnya berita tersebut, permintaan akan racikan H. Jamhari meningkat. Sejak saat itu, H. Jamhari mulai memasarkan hasil racikannya secara luas dan besar-besaran. Itu merupakan tonggak sejarah kretek di tanah air.
Museum Kretek telah memiliki 1.195 koleksi mengenai sejarah kretek. Diantaranya adalah dokumentasi kiprah para tokoh pendiri pabrik kretek. Selain itu, terdapat pula bahan dan peralatan tradisional pembuatan kretek, hasil produksi, benda-benda promosi, dan diorama proses pembuatan kretek. Museum yang dikelola oleh Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Pemerintah Kabupaten Kudus sudah menyimpan koleksi sejarah dari masa lalu hingga masa kini.
Kesalahan dalam proses pengajaran sejarah menimbulkan dampak serius bagi perkembangan seseorang atau suatu bangsa dalam memahami sejarah. Berbagai persoalan bangsa yang mengemuka saat ini seharusnya dapat diperbaiki apabila bangsa ini memiliki kesadaran sejarah. Kesadaran tersebut berarti kita dapat mengambil pelajaran dari kesalahan pengalaman di masa lalu. Lemahnya kesadaran sejarah hampir pasti adalah buah dari kesalahan suatu proses pembelajaran. Oleh karena itu, sudah sepatutnya kita mempertanyakan bagaimana proses pembelajaran mengenai sejarah itu berlangsung.
Masa lalu merupakan sesuatu yang penting untuk diketahui dan dipahami agar apa yang terjadi di masa lalu, dapat dijadikan pelajaran berharga dalam menapaki hari ini dan melangkah menuju masa depan. Demikian ungkapan,”We learn history for learning the present and building the future.” (Kambali, 2005)
Salah satu media pembelajaran sejarah terpenting adalah museum. Museum merupakan jendela dunia yang mampu membuka mata kita bagaimana mengetahui urutan waktu suatu peristiwa.
Dalam hal ini, museum yang menyimpan koleksi sejarah mengenai kretek, seperti museum Kretek sangat penting keberadaannya. Selain untuk menyimpan dokumentasi perkembangan kretek dari masa lalu, melalui keberadaan museum Kretek juga dapat menyadarkan kita sebagai bangsa Indonesia bahwa kretek merupakan salah satu simbol perjuangan bangsa. Sejarah bangsa Indonesia juga tidak lepas dari keberadaan Kretek. Oleh karena itu, keberadaan museum Kretek akan membuka kesadaran kita untuk melindungi kretek sebagai salah satu simbol sejarah.