Mojacko adalah alien bulet bersama robot bernama Dono tersesat di bumi. Hingga akhirnya mereka bertemu dengan Sorao, seorang anak  yang ingin membantu mojacko dan teman robotnya itu pulang kembali ke planet moja-moja. Tapi Sorao tidak sendiri, dia dibantu oleh teman ceweknya Miki.Ceritanya semakin rame ketika kedua adik Mojacko, Mojaru (yang warna ijo) dan Mojari (yang warna pink) ikut bergabung.

Mereka semua memiliki musuh bebuyutan bernama Momonja. Momonja ini berasal dari planet yang sama dengan Mojacko dan dia jatuh cinta dengan adik Mojacko, Mojari.